Per ritrovare suo padre, criminale misteriosamente scomparso da alcuni anni, e per salvare le fortune di famiglia cadute in disgrazia, il giovane genio Artemis Fowl II segue le ombre paterne e usa la sua intelligenza per mettere in piedi furti ed evasioni contro, nientemeno, che l'avanzatissimo popolo delle fate, ritiratosi nelle profondità della Terra. Al suo fianco la fida guardia del corpo Butler, zio dell'abile Juliet, e altri personaggi inizialmente ostili finiranno per condividere con lui almeno temporanee alleanze, come la fata poliziotta Holly Short e il nano ladro Mulch Diggums